平邑县疾病预防控制中心前身为平邑县卫生防疫站，始建于1956年4月。1996年由副科级事业单位升为正科级事业单位， 2007年8月，通过机构改革后的职能调整，改设为平邑县疾病预防控制中心。

目前，县疾病预防控制中心占地面积8338平方米，总建筑面积6728平方米。核定编制66人，现有在编人员57人，内设办公室、传染病防制科、免疫规划科、慢性病防制科、健康教育科、检验科、职业卫生科等13个科室，承担着全县各类传染病、慢性病、职业病、地方病等疾病防控和突发公共卫生事件应急处置、免疫规划预防接种、健康教育、健康危害因素干预、卫生监测检验、健康相关产品卫生质量检验等任务。山东大学生态健康研究基地和山东医专鲁南公共卫生学院落户于此。

通过近60年的建设和发展，县疾控中心各项工作有了长足进步和提高，广大疾控人员认真贯彻执行党和国家“预防为主”的卫生工作方针，始终坚持社会效益第一的原则，积极推动疾病预防控制工作的改革和发展，面向社会，面向基层，面向群众，履行职责，积极奉献，各项工作取得显著成效，先后创建成为“全国艾滋病综合防控示范区”“山东省卫生应急示范县”“山东省慢性病综合防控示范区”“山东省食源性疾病监测县乡村一体化工作试点县”“省级健康促进县区”；并荣获“全省免疫规划业务工作先进集体”“全省病毒性传染病防制工作先进集体”“全省传染病信息与突发公共卫生事件报告管理先进集体”“全省艾滋病防治工作先进集体”“市级文明单位”“ 疫情防控临沂市三八红旗集体”“临沂市抗击新冠肺炎疫情先进集体”“临沂市先进基层党组织”“全县行风建设先进单位”“创先争优先进党组织”“平邑县劳动模范集体”等称号。