平邑县疾病预防控制中心前身为平邑县卫生防疫站，始建于1956年4月。1996年由副科级事业单位升为正科级事业单位， 2007年8月，通过机构改革后的职能调整，改设为平邑县疾病预防控制中心。2017年9月，搬迁至新建成的县公共卫生服务中心。

目前，县疾病预防控制中心占地面积8338平方米，总建筑面积6728平方米。内设办公室、传染病防制科、免疫规划科、慢性病防制科、健康教育科、检验科等11个科室，承担着全县各类传染病、慢性病、职业病、地方病等疾病防控和突发公共卫生事件应急处置、免疫规划预防接种、健康教育、健康危害因素干预、卫生监测检验、健康相关产品卫生质量检验等任务。通过近60年的建设和发展，县疾控中心各项工作有了长足进步和提高，广大疾控人员认真贯彻执行党和国家“预防为主”的卫生工作方针，始终坚持社会效益第一的原则，积极推动疾病预防控制工作的改革和发展，面向社会，面向基层，面向群众，履行职责，积极奉献，各项工作取得显著成效，先后创建成为“全国艾滋病综合防控示范区”“山东省卫生应急示范县”“山东省慢性病综合防控示范区”“山东省食源性疾病监测县乡村一体化工作试点县”；并荣获“全省免疫规划业务工作先进集体”“全省病毒性传染病防制工作先进集体”“全省传染病信息与突发公共卫生事件报告管理先进集体”“全省艾滋病防治工作先进集体”“市级级文明单位”“ 疫情防控临沂市三八红旗集体”“全市‘五个好’领导班子”“全市红十字会系统优秀志愿服务组织”“全县行风建设先进单位”“创先争优先进党组织”“ 平邑县五一劳动奖状”等称号。

面对未来，平邑县疾病预防控制中心广大干部职工决心全面贯彻落实党的十九大精神，以习近平新时代中国特色社会主义思想为指导，不忘初心、牢记使命，凝心聚力，砥砺前行，在严防各类传染病传播流行、深入推进免疫规划开展、加强公共卫生监测、深化慢性病防控、普及健康教育、做好地方病防治、强化卫生应急处置、提供卫生检验检测服务等工作中，做出新贡献，取得新辉煌。